Estonia instituciones de educación superior (IES) se compone de dos grandes grupos. Estos pueden ser financiados por el estado o privada. Desde 2003, Estonia ha organizado su sistema de educación terciaria para ajustarse a los estándares y proceso europeo de Bolonia.
Estonia Ies ofrecen un acceso igualitario a todos los estudiantes elegibles. Hay secciones 'Abiertas' a más universidades donde los estudiantes son admitidos únicamente sobre la base de un certificado de educación secundaria superior. Muchos de estos cursos Universidad abierta se imparten on-line y grados pueden obtenerse a tiempo parcial. Sin embargo la mayoría de las instituciones tiene requisitos de admisión complementario: como la posesión de la certificación nacional, entrada exámenes, pruebas de aptitud y entrevistas de aptitud. Los estudiantes carecen de aptitud en estonio se dará la oportunidad de pasar un año preliminar estudiando el idioma, ampliando así la longitud de su grado por un año. Aunque el estudio previo y experiencia profesional de un estudiante pueden tenerse en cuenta no puede utilizarse para compensar las calificaciones de admisión básica.
Los residentes de EU son admitidos bajo exactamente las mismas condiciones que los residentes de estonias. Sin embargo, deben conocer el idioma de instrucción, o estudiar en un año preliminar y tienen el certificado equivalente para la terminación de la educación secundaria. Deben tener la tarjeta sanitaria europea para cubrir sus costos de salud y debe solicitar la tarjeta de identificación Estonia dentro de un mes. Estudiantes extranjeros de fuera de la UE necesitan un permiso de residencia temporal que puede obtenerse en una embajada de su país de residencia, o con la policía de fronteras. Los estudiantes extranjeros también deben tener seguro de salud. Estonia participa en la transferencia de créditos europeos y sistema de acumulación (ECTS) que permite a los estudiantes de países de la UE, o transferir créditos de Estonia a un grado en otro país de la UE uso créditos de otras universidades hacia un grado en Estonia.