Estonian établissements d'enseignement supérieur (EES) sont constitués de deux grands groupes. Celles-ci peuvent être financées par l'État ou privés. Depuis 2003, Estonie a organisé son système d'enseignement supérieur afin de se conformer aux normes et processus européen de Bologne.
HEIs estonienne offre un accès égal à tous les étudiants admissibles. Il y a des sections « Ouvertes » au plus les universités où les étudiants sont admis uniquement sur la base d'un certificat d'enseignement secondaire supérieur. Bon nombre de ces cours d'Université ouverte sont déroulent en ligne et degrés peuvent être obtenus à temps partiel. Cependant la plupart des établissements ont des conditions d'admission complémentaire : d'entrée tels que la possession de l'attestation d'examen National, examens, tests d'aptitude et entretiens d'aptitude. Élèves manquent de compétence en estonien auront l'occasion de passer une année préliminaire, étude de la langue, étendant ainsi la longueur de leur diplôme d'un an. Bien que l'étude précédente de l'élève et l'expérience professionnelle peuvent être pris en compte, il ne peut servir à compenser pour les qualifications de base d'admission.
Résidents de l'UE sont admises sous exactement les mêmes conditions que les résidents estoniens. Toutefois, ils doivent connaissent la langue d'enseignement, ou étudier dans une année préliminaire et ont le certificat équivalent pour l'achèvement des études secondaires. Ils doivent avoir la carte de santé européenne pour couvrir leurs frais de santé et doivent s'appliquer dans le mois pour la carte d'identité estonienne. Des étudiants étrangers d'en dehors de l'UE ont besoin d'un permis de séjour temporaire qui peut être obtenu auprès d'une ambassade dans leur pays de résidence, ou avec la Police des frontières. Étudiants étrangers doivent également avoir une assurance. Estonie participe à l'European Credit Transfer et Accumulation System (ECTS) qui permet aux étudiants de pays de l'UE à utiliser des crédits d'autres universités vers un diplôme en Estonie, ou transférer des crédits de l'Estonie à un diplôme dans un autre pays de l'UE.