Les étudiants qui étudient une charge de cours à temps plein (30 unités par semestre) ne payent aucuns frais en Estonie. Un étudiant tombe sous étude de 100 %, les frais sont facturés par unité d'étude. Les frais unitaires sont normalement de 50 €, mais dans les arts, médecine, médecine dentaire et vétérinaire, l'accusation est 100 € par unité. Les établissements privés, étudiants à temps partiel et les étudiants qui étudient dans des langues autres que l'estonien, sont soumis à un barème de droits non réglementée. Frais de scolarité des programmes en anglais vont de 1 000 à 7 500 €, soit 11 000 € pour les études de médecine. Étudiants européens paient les mêmes droits que les étudiants estoniens, mais les étudiants étrangers non-UE peuvent s'attendre à généralement payer un frais-taux plus élevé que les étudiants estoniens ou de l'UE.
Coût de la vie totale pour une plage de l'étudiant de 300 à 550 € par mois, selon le type d'hébergement choisi. Certaines universités ont logement étudiant coûte 80 à 190 € par mois. Appartements privés coûtent 100 à 550 € par mois selon si elles sont partagées et leur taille. Internet et télévision câblée coûtent environ 13 € par mois. Les transports publics sont gratuits dans certaines villes, et étudiant passe dans d'autres coûtent environ 9 € par mois. Billets de cinéma sont autour de 5 €, les clubs de 12 à 18 € et remise en forme dans les universités des billets de théâtre autour de 30 € par mois. Un repas au restaurant bon marché coûte environ 5 €. Un cappuccino est de 2 € et une bière 2,3 €. Une miche de pain est de 0,7 € et un litre de lait 0,65 €. La viande est 5-6 € le kilo et un kilo de fromage est de 7 €. Une douzaine de œufs est de 1,5 €. Total des coûts mensuels de nourriture sont estimés à 200-250 €.
L'État a un nouveau système de subvention basé sur besoin qui a débuté en 2014. La subvention est d'une valeur de 75 à 220 € par mois pendant 10 mois de l'année, basée principalement sur les revenus de l'étudiant et/ou de la famille. Il y a aussi des bourses de mérite de 56 à 84 € par mois, 17 reçu de tous les étudiants. Toutefois, ces bourses de mérite sont étant graduellement selon le nouveau système axé sur les besoins mais ils peuvent en définitive être remplacés avec un système basé sur des résultats académiques dans les domaines prioritaires de l'étude. Il y a des avantages fiscaux pour les parents, basées sur l'âge et l'état matrimonial de l'étudiant. Il n'y a aucune allocations familiales en Estonie.
Le gouvernement estonien délivre un certain nombre de bourses au titre de divers accords bilatéraux et des accords de réciprocité avec d'autres pays. Ces pays comprennent la plupart des pays de l'UE, plus l'Azerbaïdjan, Chine, Suisse et Turquie. Ce sont pour un maximum d'une année universitaire, donc ne permet pas d'obtenir un diplôme. Les frais ne sont pas inclus dans la bourse. Bourses d'études similaires sont disponibles pour les programmes de l'été estonien enseignement supérieur. La plupart privé et universitaire bourses d'études offertes aux étudiants étrangers qui étudient à l'étranger peuvent être utilisés pour étudier aux niveaux appropriés dans EES estonien.
Le Fonds Social européen offre des bourses pour les Masters a enseigné dans des langues autres que l'estonien. Ces bourses offrent une allocation de 288 € par mois. Honoraires et frais de déplacement ne sont pas couverts par la bourse. Étudiants doivent rester sensiblement en Estonie pendant la durée du programme et atteindre un niveau de qualité suffisant dans la première année pour pouvoir continuer. Les universités de contrôler l'attribution de ces bourses. Il y a des programmes d'un compatriote pour jeunes Estoniens qui ont vécu à l'extérieur de l'Estonie depuis 10 ans ou plus pour revenir à l'Estonie d'étudier. L'Estonie participe au programme européen Erasmus Mundus pour les études supérieures aux niveaux de maîtrise et de doctorat.
Étudiants à temps plein peuvent demander des prêts de l'état pris en charge. Les étudiants doivent étudier pendant plus de neuf mois. Les prêts sont un pour une durée maximale de 1 920 € par an.
Tous les types d'étudiants internationaux ne nécessitent aucun permis supplémentaires de travail en Estonie. Citoyens de l'UE peuvent travailler librement en vertu de la liberté des dispositions de l'Union européenne relatives à la circulation et peuvent rester une supplémentaire de six mois après la fin de leurs études pour chercher du travail. Taux de salaire minimum sont 355 € par mois et le revenu moyen est de 930 € par mois pour travailler à temps plein. Maîtrise de l'estonien est requise pour la plupart des travaux mais il y a aussi des possibilités de travailler en anglais ou autres langues européennes.