Estone-istituti di istruzione superiore (IIS) sono costituiti da due grandi gruppi. Questi possono essere finanziati dallo stato o privati. Dal 2003 Estonia ha organizzato il suo sistema di istruzione terziaria siano conformi agli standard ed europeo processo di Bologna.
HEIs estone offerta uguale accesso a tutti gli studenti idonei. Ci sono sezioni 'Aperti' al più università dove gli studenti sono ammessi unicamente sulla base di un certificato di istruzione secondaria superiore. Molti di questi corsi Università aperta sono insegnati on-line e gradi possono essere ottenuti su una base part-time. Tuttavia la maggior parte delle istituzioni hanno requisiti integrativi ammissione: come il possesso del certificato dell'esame nazionale, ingresso esami, test attitudinale e interviste di attitudine. Gli studenti privi di competenza in estone avranno l'opportunità di trascorrere un anno preliminare, lo studio della lingua, così da allungare la lunghezza del loro grado di un anno. Anche se uno studente precedente studio ed esperienza professionale possono essere presi in considerazione non può essere utilizzato per compensare le qualifiche di base di ammissione.
Esattamente le stesse condizioni come residenti estoni sono ammessi i residenti EU. Tuttavia, devono conoscere bene, la lingua di istruzione o studiarla in un anno preliminare ed hanno il certificato equivalente per il completamento dell'istruzione secondaria superiore. Essi devono avere la tessera sanitaria europea per coprire i loro costi di salute e deve applicare entro un mese per la carta d'identità estone. Studenti stranieri da fuori dell'UE hanno bisogno di un permesso di soggiorno temporaneo che può essere ottenuto da un'ambasciata nel loro paese di residenza, o con la polizia di frontiera. Gli studenti stranieri devono avere anche l'assicurazione sanitaria. Estonia partecipa il bonifico europeo e accumulo System (ECTS) che permette agli studenti provenienti da paesi UE di utilizzare i crediti da altre università verso una laurea in Estonia, o trasferire i crediti dall'Estonia alla laurea in un altro paese dell'UE.